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Entenderemos el subsidio por incapacidad laboral, como el beneficio económico que tiene por finalidad reemplazar las remuneraciones o rentas de actividad de las personas trabajadoras, durante los períodos en que estas se encuentran transitoriamente incapacitadas de realizar su trabajo por un accidente o enfermedad de origen común, cumpliendo los requisitos que se exigen al efecto. Es importante dejar establecido que este beneficio no constituye renta para ningún efecto legal y es imponible para pensiones y salud, que es a lo que nos referiremos en este boletín N° 4, del año 2025.

Primera Clave: Cotizaciones durante el goce del Subsidio por Incapacidad Laboral

Regla general:

Durante los periodos de incapacidad laboral, quién sea responsable del pago del subsidio por incapacidad laboral, también paga las cotizaciones para salud y pensiones de todos los días de reposo que han sido autorizados en la licencia médica, aún cuando se haya celebrado un Convenio de pago de subsidio por incapacidad laboral con la entidad empleadora. Esto es, se pagan estas cotizaciones incluso si hay carencia de subsidio por incapacidad laboral por los tres primeros días, si la licencia médica es igual o inferior a 10 días.

Las cotizaciones de cargo del empleador, siguen siendo de su cargo.

Reglas particulares en el Pago de Cotizaciones

• Si la persona trabajadora se acogió a la opción de no cotizar para pensión conforme al artículo 69 del D.L. N°3.500, de 1980, entonces el responsable del pago del subsidio por incapacidad laboral sólo cotizará para salud común.
• En este entero de cotizaciones durate el reposo médico, se consideran las cotizaciones asociadas a la reforma del sistema de pensiones (artículos 1° y 4° de la Ley N°21.735), que se aplican gradualmente a contar del mes de agosto de 2025 (aumento de cotización de un 0,1% destinado a la cuenta de capitalización individual del trabajador, y un 0,9% al Fondo Autónomo de Protección Previsional):
  • El porcentaje que va a la cuenta de capitalización individual, será de cargo de quien pague el subsidio por incapacidad laboral.
  • El porcentaje destinado al Fondo Autónomo de Protección Previsional, es de cargo exclusivo del empleador incluso en los períodos de reposo laboral.
• Puede suceder que no exista vínculo laboral vigente durante todo o parte del reposo laboral, como por ejemplo, en el evento de licencias médicas continuadas, o la figura de cesantía involuntaria del artículo 18 A, de la Ley N° 10.662. En esos casos, si la persona trabajadora mantiene el derecho a hacer uso de licencia médica y subsidio por incapacidad laboral, sus cotizaciones se pagan en las mismas condiciones que respecto a los periodos de carencia mencionados más arriba.

Segunda Clave: Reglas de pago de cotizaciones, para las entidades pagadoras del subsidio por incapacidad laboral.

​Para los efectos del pago de cotizaciones realizado por parte del organismo obligado al pago del subsidio por incapacidad laboral, ya sea que se trate de COMPIN, C.C.A.F. o ISAPRE, se deberá cumplir con las siguientes normas:

• Ya sea que se trate de personas afiliadas al Antiguo Sistema de Pensiones, o personas trabajadoras afiliados al Nuevo Sistema de Pensiones, las entidades pagadoras de subsidio deben declarar y pagar las cotizaciones en los mismos plazos que tiene el empleador para hacer aquello, esto es dentro de los 10 o 13 días del mes siguiente al que se autorizó la licencia médica, según corresponda. Con independencia del periodo de reposo autorizado por la licencia médica, el plazo para pagar las cotizaciones se cuenta desde la fecha en que la licencia médica fue autorizada.
• La cotización se debe imputar al período que se encuentra cubierto por la licencia médica y no al mes o meses en que se paga efectivamente el subsidio o la cotización si este se ha pagado en una fecha posterior. Ello puede ocurrir, por ejemplo, por una causa de fuerza mayor o caso fortuito en los términos del artículo 45 del Código Civil como lo es una licencia médica autorizada en una fecha posterior al mes en que se hizo uso del reposo, por haber sido sometida a un proceso de revisión ante una apelación interpuesta. En estos casos no corresponde que se apliquen reajustes, intereses o multas a la entidad pagadora del subsidio.
• En los casos en que la cotización respectiva sea imputada a un mes distinto al que cubre la licencia médica, la entidad pagadora del subsidio deberá requerir a la institución respectiva que adopte las medidas tendientes a corregir dicha situación, a fin de imputar la cotización respectiva al mismo período cubierto por la licencia médica.
• Si la licencia médica cubre un período que involucra días de distintos meses, el pago de cotizaciones deberá imputarse a los días de cada mes que correspondan al período de la licencia.

Tercera Clave: La Base de Cálculo de tus Cotizaciones

Regla General

La base de cálculo del pago de las cotizaciones, se efectuará sobre la base de la última remuneración o renta imponible correspondiente al mes anterior en que se haya iniciado la licencia o en su defecto la estipulada en el respectivo contrato de trabajo, en su caso. Para este efecto, la remuneración o renta imponible se reajustará en la misma oportunidad y porcentaje en que corresponda reajustar el subsidio por incapacidad laboral.

Situaciones Particulares

• Si en el mes anterior al inicio de la licencia el trabajador percibió remuneración sólo por algunos días, para efectos de establecer la base imponible diaria para el pago de las cotizaciones se debe dividir la remuneración imponible por los días efectivamente trabajados. Se exceptúa de lo anterior la situación de los trabajadores contratados por día, ya que en este caso se debe establecer que su remuneración imponible mensual es aquella que hayan percibido por los días trabajados, la que dividida por 30 dará la base imponible diaria.
• Las entidades obligadas a pagar las cotizaciones son las instituciones pagadoras de subsidio, las que deberán efectuar las retenciones correspondientes, declarar y enterar las cotizaciones en las instituciones que correspondan, de conformidad con las normas contenidas en la Ley N°17.322. Lo anterior también se aplica en las situaciones que exista convenio para el pago de los subsidios.
• El subsidio por incapacidad laboral a que se tenga derecho por la persona trabajadora, no se verá disminuido por el pago de las cotizaciones para salud común y pensiones, ya que se debe incrementar en el mismo monto de las cotizaciones a pagar (artículo 95 de la Ley N°18.768).

Cuarta Clave: Cotizaciones de cesantía a cargo de la persona trabajadora, descontadas directamente del Subsidio por Incapacidad Laboral.

Dentro del concepto de cotización personal del trabajador se considera la cotización de su cargo del seguro de cesantía, tratándose de trabajadores adscritos a éste sistema y que tengan un contrato indefinido. No es así si se trata de quienes tengan un contrato a plazo fijo o para una obra, trabajo o servicio determinado, ya que toda la cotización para el seguro de cesantía de estos trabajadores es de cargo del empleador.

Es por ello, que en caso de incapacidad laboral transitoria, la cotización para este Seguro que es de cargo de la persona trabajadora, se descuenta del subsidio y es retenida y enterada en la Sociedad Administradora del Seguro por la respectiva entidad pagadora de subsidios. La base de la remuneración imponible para el seguro de cesantía corresponde al mes anterior al de inicio de la licencia o en su defecto a la estipulada en el contrato de trabajo, considerando el tope de la remuneración imponible para este seguro.

La cotización que es de cargo del empleador, seguirá siendo de su cargo y será éste el que la deberá declarar y pagar.

A considerar:

• En el evento que por aplicación de la carencia, la persona trabajadora devengue subsidios sólo por parte del período de incapacidad, producto de la carencia de los tres primeros días, tratándose de licencias médicas de hasta 10 días, corresponde descontar del subsidio a que tenga derecho el trabajador, la cotización para el seguro de cesantía respecto de la totalidad del período de incapacidad.
• Si durante el período de incapacidad laboral el trabajador no devenga subsidios, por aplicación de la carencia ya referida, no procederá que la entidad pagadora de subsidios entere la cotización para el seguro de cesantía, por cuanto no existe subsidio del cual efectuar el descuento.
• Si posteriormente, la persona trabajadora tiene una licencia médica continuada, que genere pago de al menos un día de subsidio, la entidad pagadora del beneficio deberá descontar del subsidio que deba pagar, la cotización para el seguro de cesantía de cargo del trabajador, correspondiente a todos los días de incapacidad laboral, incluido el período de carencia. La obligación de la entidad pagadora de subsidio se genera solamente con el devengamiento del subsidio, lo que ocurre con la autorización de la licencia posterior continuada que generó el pago de al menos un día de subsidio

Para más información, te invitamos a revisar el Compendio de Normas sobre Licencias Médicas, Subsidios por Incapacidad Laboral y Seguro SANNA