Estas cotizaciones deberán efectuarse sobre la base de la última remuneración o renta imponible correspondiente al mes anterior a aquél en que se haya iniciado la Licencia Médica u Orden de Reposo Ley N°16.744 o en su defecto, de la estipulada en el respectivo contrato de trabajo. En el caso de los trabajadores independientes obligados, la renta imponible corresponderá a la renta imponible anual que sirvió de base para la determinación de la cotización para el Seguro de la Ley N°16.744, dividida por doce.

Respecto a los afiliados a los regímenes previsionales administrados por el Instituto de Previsión Social (IPS), las cotizaciones para previsión comprenden, las destinadas a financiar los fondos de pensiones y de desahucio o indemnización cuando corresponda. Respecto a los trabajadores dependientes afiliados al Sistema de Pensiones del D.L. N°3.500, de 1980, comprenden las cotizaciones para el fondo de pensiones, incluida la comisión que cobra la AFP. En relación a los afiliados independientes, los organismos administradores deberán retener y pagar además la cotización al Seguro de Invalidez y Sobrevivencia (SIS).

Sin embargo, respecto de los trabajadores acogidos a pensión de vejez o invalidez total en el Sistema de Pensiones del D.L. N°3.500, de 1980, no corresponde enterar el 10% para el fondo de pensiones, ni la parte de la cotización adicional destinada al financiamiento de la AFP, a que se refiere el artículo 17 de ese decreto ley, salvo que hayan manifestado expresamente su voluntad de efectuar tales cotizaciones.

Asimismo, no procede enterar las cotizaciones señaladas en el párrafo anterior, a los afiliados mayores de 65 años de edad, si son hombres, o mayores de 60 años de edad, si son mujeres, no pensionados de vejez, que han manifestado expresamente su voluntad de acogerse a la exención prevista en el artículo 69 del D.L. N°3.500.

En los casos a que se refieren los dos párrafos precedentes, los organismos administradores solo deberán retener y enterar el 10% para el fondo de pensiones y la parte de la cotización adicional destinada al financiamiento de la AFP, cuando aparezcan descontados en las liquidaciones de sueldo del período que sirve de base de cálculo del subsidio.

Por otra parte, no procede descontar la cotización por trabajos pesados a que se refiere el artículo 17 bis del D.L. N°3.500, toda vez que, de acuerdo con su inciso final, no corresponde enterar dichas cotizaciones durante los períodos en que el trabajador se encuentre en goce de licencia médica.

Tratándose de afiliados a alguna Institución de Salud Previsional (ISAPRE) corresponde efectuar las cotizaciones del 7% o del monto superior pactado o, si se trata de afiliados a FONASA, el 7%.

Cuando durante el período de incapacidad laboral se produce un aumento del precio del plan de salud pactado, ya sea por la incorporación de una nueva carga o por la aplicación de los procedimientos de revisión contractual anual, las diferencias de cotizaciones que se generen deberán ser pagadas por la entidad pagadora del subsidio.

Tratándose de trabajadores cubiertos por el seguro de cesantía, conforme al artículo 2° de la Ley N°19.728, la cotización de cargo del trabajador (0,6%), deberá ser descontada del subsidio, retenida y enterada en la Sociedad Administradora de Fondos de Cesantía (AFC) por el respectivo organismo administrador.

Estas cotizaciones deben determinarse sobre la base de la remuneración imponible para el seguro de cesantía correspondiente al mes anterior al de inicio de la licencia o en su defecto la estipulada en el contrato de trabajo. El tope de la remuneración imponible para este seguro se encuentra señalado en la Letra I. anterior.

En el caso de los trabajadores contratados a plazo o para una obra, trabajo o servicio determinado, no procederá que las entidades pagadoras de subsidios efectúen la cotización del 0,6% para el seguro de cesantía durante los períodos de incapacidad laboral, ya que según el artículo 5° de la Ley N°19.728, toda la cotización para el seguro de cesantía de estos trabajadores es de cargo del empleador (3%).

Las retenciones para el pago de la cotización para el seguro de cesantía afectan el monto líquido del subsidio que percibe el trabajador, ya que la cotización para este seguro, debe ser descontada del subsidio.

Las cotizaciones que son de cargo del empleador, deberán continuar siendo pagadas por éste, mientras subsista la relación laboral, como es el caso de aquéllas vinculadas al Seguro de Invalidez y Sobrevivencia (SIS), la cotización del 4,11% para las personas trabajadoras de casa particular y en caso de corresponder el porcentaje de la cotización para el seguro de cesantía, 2,4% o 3% de las remuneraciones imponibles, según corresponda.

No corresponde, que las entidades empleadoras coticen para el Seguro de la Ley N°16.744 durante el período en que la persona trabajadora esté con subsidio por incapacidad temporal por accidente del trabajo o por enfermedad profesional.

No procederá efectuar las cotizaciones y aportes a que se refiere el artículo 17 bis del D.L. N°3.500, durante los períodos en que la persona trabajadora se encuentre con reposo médico.

El plazo para efectuar el pago de las cotizaciones previsionales, según lo dispuesto por el artículo 19 del D.L. N°3.500 y, en la Ley N°17.322, corresponde a los 10 primeros días del mes siguiente a la fecha en que se autorizó la licencia médica por la autoridad correspondiente, en su caso, término que se prorrogará hasta el primer día hábil siguiente si dicho plazo expirare en día sábado, domingo o festivo. Como las mutualidades de empleadores no utilizan el citado documento, sino una orden de reposo, ésta deberá estarse a la fecha en que se dispuso o autorizó el reposo.

Respecto de los afiliados a los regímenes previsionales administrados por el IPS, corresponde aplicar el plazo establecido en la Ley N°17.322, debiendo por tanto, integrarse la cotización respectiva dentro de los 10 primeros días del mes siguiente a la fecha en que se devenga el subsidio.

La circunstancia de no estar determinado aún el monto del subsidio no es obstáculo al íntegro de las correspondientes cotizaciones, toda vez que para ese efecto debe considerarse sólo la remuneración o renta imponible del mes anterior al del inicio del reposo, o bien la renta imponible anual que sirvió de base para la determinación de las cotizaciones del trabajador independiente obligado, dividida por doce, dato que se puede obtener del certificado de remuneraciones, del certificado de cotizaciones de la AFP respectiva, de la información remitida por la Tesorería General de la República o de las planillas nominadas.

Para los efectos del pago de las cotizaciones previsionales realizadas por parte de los organismos administradores del Seguro de la Ley N°16.744 -pagadores del subsidio por incapacidad laboral (SIL) de origen laboral- deberán considerar lo siguiente:

1. La cotización respectiva, se deberá imputar al período que se encuentra cubierto por el reposo prescrito en la licencia médica u orden de reposo y no al mes o meses en que se paga efectivamente el subsidio o la cotización, si este se ha pagado en una fecha posterior, por una situación no imputable a éste.
   
   Para estos efectos y tal como ha sido instruido por la Superintendencia de Pensiones en el número 3, de la Letra K, Título I, del Libro III, del Compendio de Normas Sobre el Sistema de Pensiones, y por la Superintendencia de Salud en el número 1.3, del número 1, Título VII, Capítulo III, del Compendio de Normas Administrativas en Materia de Procedimientos, existen situaciones en las cuales las entidades pagadoras del subsidio, obligadas al pago de las cotizaciones no pueden dar cabal cumplimiento a la obligación de descontar la cotización correcta y/o pagarla a la entidad previsional dentro del plazo general establecido para estos efectos, por una causa de fuerza mayor o caso fortuito en los términos del artículo 45 del Código Civil, no correspondiendo que se apliquen en esos casos las sanciones dispuestas en el inciso quinto del artículo 185 y en el artículo 186 del DFL N°1, de 2006 del Ministerio de Salud.
   
   En este contexto, dado que en los casos en que el reposo prescrito en la licencia médica u orden de reposo sea autorizado en una fecha posterior al mes en que se hizo uso del reposo, por ejemplo: cuando una licencia médica u orden de reposo haya sido autorizada con posterioridad por haber sido sometida a un proceso de revisión ante una apelación interpuesta, los organismos administradores no podrán imputar las cotizaciones respectivas al período que se encuentra cubierto por la licencia médica, ello constituye una situación de caso fortuito o fuerza mayor, por lo que no corresponderá que se apliquen reajustes, intereses o multas a la entidad pagadora del subsidio.
2. En función de lo anterior, si la cotización respectiva se paga en un mes posterior a aquel en que se hizo uso del reposo otorgado en la licencia médica u orden de reposo, los organismos administradores -pagadores del subsidio por incapacidad laboral (SIL) de origen laboral- deberán imputar las cotizaciones previsionales al periodo cubierto por la licencia médica.
3. De igual manera deberán proceder los organismos administradores, en aquellos casos en que licencia médica u orden de reposo sea autorizada en un mes distinto a aquél en que se encuentra el periodo de reposo contenido en dicho instrumento.
4. En los casos en que la cotización respectiva sea imputada a un mes distinto al que cubre la licencia médica u orden de reposo, los organismos administradores -pagadores del subsidio por incapacidad laboral (SIL) de origen profesional- deberán requerir a la institución respectiva que, adopte las medidas tendientes a corregir dicha situación, a fin de imputar la cotización respectiva al mismo período cubierto por la licencia médica.
5. En los casos en que la licencia médica u orden de reposo cubra un período que involucra días de distintos meses, los pagos de las cotizaciones respectivas deberán imputarse a los días de cada mes que correspondan al período de la licencia u orden de reposo.
6. Para dar cumplimiento a las normas señaladas precedentemente, los organismos administradores obligados al pago del subsidio por incapacidad laboral (SIL) de origen profesional y a las cotizaciones respectivas, deberán implementar las medidas que permitan imputar correctamente tanto el subsidio como las cotizaciones respectivas debiendo utilizar planillas separadas de declaración y pago cuando sea necesario.