Conforme a lo dispuesto en el artículo 19 N°2 de la Ley N°18.833, las C.C.A.F. se encuentran facultadas para administrar el Régimen de Subsidios por Incapacidad Laboral. El artículo 27 de la citada Ley, señala que, para financiar dicho régimen, las C.C.A.F. percibirán una cotización calculada sobre las remuneraciones imponibles de los trabajadores no afiliados a una Institución de Salud Previsional, la que se deducirá de las cotizaciones para salud, para el financiamiento del citado régimen, y para los efectos de los superávit o déficit que se produzcan se aplicará lo establecido en el artículo 14 del D.L. N°2.062, de 1977. El citado artículo establece que corresponde al Fondo Nacional de Salud (FONASA) reembolsar a las C.C.A.F. los déficit producidos por la administración del régimen de subsidios por incapacidad laboral.

Por su parte, con cargo al Fondo para Subsidios por Incapacidad Laboral, constituido conforme al artículo 21 del D.F.L. N°44, de 1978, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social, y en virtud de lo dispuesto por el artículo 1° de la Ley N°18.418, las C.C.A.F. deben pagar los subsidios por incapacidad laboral de origen común, esto es, por enfermedad que no sea profesional o accidente que no sea del trabajo, y los subsidios maternales suplementarios que corresponden al descanso pre natal suplementario, prórroga del pre natal y descanso post natal prolongado.

El artículo 28 de la Ley N°18.833 señala que las C.C.A.F. percibirán comisiones por las prestaciones que administren y que los montos de dichas comisiones serán calculados por esta Superintendencia, considerando el número de prestaciones pagadas, el de trabajadores afiliados y el promedio de trabajadores de las empresas afiliadas, debiendo considerar un mecanismo de incentivo para el control del gasto originado por las prestaciones que administren. Actualmente, dichas comisiones se determinan de acuerdo con lo instruido mediante la Resolución Conjunta N°3, de 30 de enero de 1990, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social y sin número del Ministerio de Hacienda.