El inciso tercero del artículo 17 del D.L. N°3.500, establece que: "Durante los períodos de incapacidad laboral, afiliados y empleadores deberán efectuar las cotizaciones a que se refiere este artículo."

La base sobre la cual corresponde efectuar las cotizaciones durante los periodos de subsidio por incapacidad laboral es la remuneración imponible del mes anterior al inicio de la licencia.

La parte de la cotización adicional destinada al financiamiento del seguro a que se refiere el artículo 59 del Decreto Ley N°3.500, de 1980, será de cargo del sujeto obligado al pago de ésta en el mes de inicio del período de incapacidad laboral, hasta que el empleador informe de un cambio en dicha situación.

En los casos en que por no existir remuneración durante el mes anterior al inicio de la licencia médica, las cotizaciones del período de incapacidad laboral deban efectuarse sobre la base de la remuneración del contrato de trabajo, según dispone el inciso quinto del artículo 17 del D.L. N°3.500, debe requerirse al empleador del sector privado que informe si durante el mes de inicio de la incapacidad laboral, está o no obligado a cotizar la parte de la cotización adicional destinada al financiamiento del seguro de invalidez y sobrevivencia del artículo 59 del D.L N°3.500, de 1980, procediendo conforme a dicha información durante el período de incapacidad laboral, en tanto el empleador no informe de un cambio en dicha situación.

De acuerdo con lo dispuesto en el artículo 8° del D.F.L. N°44, de 1978, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social, para calcular un subsidio por incapacidad laboral se debe considerar la remuneración mensual neta, el subsidio o ambos, que se hayan devengado en los tres meses calendario más próximos al mes en que se inicia la licencia. Por su parte, el artículo 7° de dicho D.F.L. establece que "remuneración neta, para la determinación de las bases de cálculo, es la remuneración imponible con deducción de la cotización personal y de los impuestos correspondientes a dicha remuneración".

Al respecto, se debe señalar que dentro del concepto de cotización personal del trabajador se deben entender las cotizaciones de su cargo excluidas las de la Ley N°19.728, sobre seguro de cesantía.

Lo anterior con el objeto de armonizar las normas del D.F.L. N°44 con las de la referida Ley N°19.728, que es posterior y especial, y que en su artículo 10 establece que las cotizaciones del trabajador deberán ser pagadas en la Sociedad Administradora por las entidades pagadoras de subsidios, para cuyo efecto la deducirán del subsidio por incapacidad laboral.

Conforme a los artículos 8° y 10 de la Ley N°19.728, en caso de incapacidad laboral transitoria del trabajador, la cotización para este Seguro, que es de cargo del trabajador, deberá ser descontada del subsidio, retenida y enterada en la Sociedad Administradora del Seguro por la respectiva entidad pagadora de subsidios. Por su parte, la cotización que es de cargo del empleador, seguirá siendo de su cargo y será éste el que la deberá declarar y pagar.

En el evento que por aplicación de la carencia establecida en el artículo 14 del citado D.F.L. N°44, el trabajador devengue subsidios sólo por parte del período de incapacidad, corresponde descontar del subsidio a que tenga derecho el trabajador, la cotización para el seguro de cesantía respecto de la totalidad del período de incapacidad.

Por su parte, si durante el período de incapacidad laboral el trabajador no devenga subsidios, por aplicación de la carencia establecida en el citado artículo 14, no procederá que la entidad pagadora de subsidios entere la cotización para el seguro de cesantía, por cuanto no existe subsidio del cual efectuar el descuento.

Si posteriormente, el trabajador tiene una licencia médica continuada, de manera que genere pago de al menos un día de subsidio, la entidad pagadora del beneficio deberá descontar del subsidio que deba pagar, la cotización para el seguro de cesantía de cargo del trabajador, correspondiente a todos los días de incapacidad laboral, incluido el período de carencia. En este caso, la obligación de la entidad pagadora de subsidio se genera solamente con el devengamiento del subsidio, lo que ocurre con la autorización de la licencia posterior continuada que generó el pago de al menos un día de subsidio.

Asimismo, en el caso de licencias médicas originalmente rechazadas que se autorizan posteriormente en un proceso de reconsideración o reclamación, la obligación de la entidad pagadora de subsidio de declarar y pagar las cotizaciones para el seguro de cesantía, lo mismo que las otras cotizaciones que se enteran por los períodos de incapacidad laboral, nace cuando se devenga el subsidio, lo que ocurre, cuando la licencia es autorizada por la entidad correspondiente dentro de su proceso de autorización normal, o en virtud de una resolución de reconsideración de la misma entidad, o por una resolución dictada en un procedimiento de apelación o reclamación.

Lo anterior también resulta aplicable cuando una licencia médica originalmente reducida es posteriormente autorizada o mandada a autorizar por todo el período del reposo otorgado.

No procederá que las entidades pagadoras de subsidios efectúen la cotización del seguro de cesantía durante los períodos de incapacidad laboral en el caso de los trabajadores contratados a plazo o para una obra, trabajo o servicio determinado, ya que según el artículo 21 de la Ley N°19.728, toda la cotización para el seguro de cesantía de estos trabajadores es de cargo del empleador.

Conforme al inciso segundo del citado artículo 8° de la Ley N°19.728, las cotizaciones que deben efectuar las entidades pagadoras de subsidios durante los períodos de incapacidad laboral, deben determinarse sobre la base de la remuneración imponible para el seguro de cesantía correspondiente al mes anterior al de inicio de la licencia o en su defecto a la estipulada en el contrato de trabajo. Dado que, de acuerdo con el artículo 6° de la misma Ley, el tope de la remuneración imponible para este seguro es de 90 UF, será dicho límite el que deberá considerarse para efectos del entero de las aludidas cotizaciones.

El artículo 22 del D.F.L. N°44, de 1978, respecto de los trabajadores afiliados al Antiguo Sistema de Pensiones y el artículo 17 del D.L. N°3.500, de 1980, para los afiliados al sistema que regula dicho decreto, exigen cotizar durante los períodos de incapacidad laboral.

Por tanto, por una licencia médica que cumpla los requisitos para generar derecho a subsidio, se deben pagar cotizaciones, incluido los tres primeros días de carencia, en su caso.

El pago de las cotizaciones siempre corresponde a la entidad pagadora de subsidio (COMPIN -C.C.A.F.- ISAPRE), aunque haya celebrado convenio con la entidad empleadora para el pago del subsidio por incapacidad laboral.

1. TRABAJADORES Y TRABAJADORAS AFILIADOS AL ANTIGUO SISTEMA DE PENSIONES
   
   Cabe señalar que, de acuerdo a lo establecido en el artículo 22 del D.F.L. N°44, de 1978, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social, las entidades pagadoras de subsidios deberán efectuar las retenciones correspondientes, declarar y enterar las cotizaciones en las instituciones que correspondan, en conformidad con las normas contenidas en la Ley N°17.322.
   
   En lo que dice relación con el entero de las cotizaciones de los períodos de incapacidad laboral de trabajadores afiliados al Antiguo Sistema de Pensiones, las cotizaciones respectivas deben enterarse dentro de los 10 primeros días del mes siguiente a la fecha en que se devenga el subsidio, o al día siguiente hábil si dicho plazo venciere en día sábado, domingo o festivo.
   
   Por lo tanto, conforme a lo dispuesto en el artículo 22 del D.F.L. N°44, durante los períodos de incapacidad laboral, las C.C.A.F., COMPIN e ISAPRES, como entidades pagadoras de subsidios, deben declarar y enterar las cotizaciones en las instituciones que correspondan, de acuerdo con las normas contenidas en la Ley N°17.322.

2. TRABAJADORES Y TRABAJADORAS AFILIADOS AL SISTEMA DE PENSIONES DEL D.L. N°3.500, DE 1980.
   
   Por su parte, el artículo 19 del D.L. N°3.500, dispone que las entidades pagadoras de subsidio deben declarar y pagar las cotizaciones dentro de los 10 primeros días del mes siguiente al que se autorizó la licencia médica, o al día siguiente hábil, si el último es sábado, domingo o festivo.
   
   Conforme a lo anterior, independiente del periodo de reposo autorizado por la licencia médica, el plazo para pagar las cotizaciones se cuenta desde la fecha en que la licencia médica fue autorizada por la COMPIN o ISAPRE, sea que lo haya hecho en primera instancia o por orden de la COMPIN, o de esta Superintendencia, según corresponda.

3. NORMAS COMUNES APLICABLES AL PAGO DE COTIZACIONES POR PARTE DE LAS ENTIDADES PAGADORAS DEL SIL
   
   ​Para los efectos del pago de cotizaciones realizado por parte del organismo obligado al pago del subsidio por incapacidad laboral, ya sea que se trate de COMPIN, C.C.A.F. o ISAPRE, se deberá cumplir con las siguientes normas:

   1. La cotización respectiva, se debe imputar al período que se encuentra cubierto por la licencia médica y no al mes o meses en que se paga efectivamente el subsidio o la cotización si este se ha pagado en una fecha posterior. Para estos efectos y tal como ha sido instruido por la Superintendencia de Pensiones en el numeral 3, de la Letra K, Título I, del Libro III, del Compendio de Normas Sobre el Sistema de Pensiones , y por la Superintendencia de Salud en el numeral 1.3, del número 1, Título VII, del Capítulo III, del Compendio de Normas Administrativas en Materia de Procedimientos, existen situaciones en las cuales las entidades obligadas al pago de las cotizaciones no pueden dar cabal cumplimiento a la obligación de descontar la cotización correcta y/o pagarla a la entidad dentro del plazo general establecido para estos efectos, por una causa de fuerza mayor o caso fortuito en los términos del artículo 45 del Código Civil, no correspondiendo que se apliquen en esos casos las sanciones dispuestas en el inciso quinto del artículo 185 y en el artículo 186 del D.F.L. N°1, de 2006 del Ministerio de Salud.
      
      En este contexto, dado que en los casos en que la licencia médica es autorizada en una fecha posterior al mes en que se hizo uso del reposo, por ejemplo cuando una licencia médica haya sido autorizada con posterioridad por haber sido sometida a un proceso de revisión ante una apelación interpuesta, las Cajas de Compensación de Asignación Familiar, Subsecretaría de Salud Pública o las Instituciones de Salud Previsional, según corresponda, no podrán imputar las cotizaciones respectivas al período que se encuentra cubierto por la licencia médica, ello constituye una situación de caso fortuito o fuerza mayor, por lo que no corresponde que se apliquen reajustes, intereses o multas a la entidad pagadora del subsidio.

   2. En función de lo anterior, si la cotización respectiva se paga en un mes posterior a aquel en que se hizo uso del reposo otorgado en la licencia médica, la entidad pagadora del subsidio deberá imputar las cotizaciones al periodo cubierto por la licencia médica.

   3. De igual manera deberá proceder la entidad pagadora del subsidio, en aquellos casos en que la licencia médica sea autorizada en un mes distinto a aquel en que se encuentra el periodo de reposo contenido en dicho instrumento.

   4. En los casos en que la cotización respectiva sea imputada a un mes distinto al que cubre la licencia médica, la entidad pagadora del subsidio deberá requerir a la institución respectiva que adopte las medidas tendientes a corregir dicha situación, a fin de imputar la cotización respectiva al mismo período cubierto por la licencia médica.

   5. En los casos en que la licencia médica cubra un período que involucra días de distintos meses, el pago de cotizaciones deberá imputarse a los días de cada mes que correspondan al período de la licencia.

   6. Para dar cumplimiento a las normas señaladas precedentemente, los organismos obligados al pago de subsidios por incapacidad laboral y a las cotizaciones respectivas, deberán implementar las medidas que permitan imputar correctamente tanto el subsidio como las cotizaciones debiendo utilizar planillas separadas de declaración y pago cuando sea necesario.