El artículo 22 del D.F.L. N°44, de 1978, respecto de los trabajadores afiliados al Antiguo Sistema de Pensiones y el artículo 17 del D.L. N°3.500, de 1980, para los afiliados al sistema que regula dicho decreto, exigen cotizar durante los períodos de incapacidad laboral.

Por tanto, por una licencia médica que cumpla los requisitos para generar derecho a subsidio, se deben pagar cotizaciones, incluido los tres primeros días de carencia, en su caso.

El pago de las cotizaciones siempre corresponde a la entidad pagadora de subsidio (COMPIN -C.C.A.F.- ISAPRE), aunque haya celebrado convenio con la entidad empleadora para el pago del subsidio por incapacidad laboral.

1. TRABAJADORES Y TRABAJADORAS AFILIADOS AL ANTIGUO SISTEMA DE PENSIONES
   
   Cabe señalar que, de acuerdo a lo establecido en el artículo 22 del D.F.L. N°44, de 1978, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social, las entidades pagadoras de subsidios deberán efectuar las retenciones correspondientes, declarar y enterar las cotizaciones en las instituciones que correspondan, en conformidad con las normas contenidas en la Ley N°17.322.
   
   En lo que dice relación con el entero de las cotizaciones de los períodos de incapacidad laboral de trabajadores afiliados al Antiguo Sistema de Pensiones, las cotizaciones respectivas deben enterarse dentro de los 10 primeros días del mes siguiente a la fecha en que se devenga el subsidio, o al día siguiente hábil si dicho plazo venciere en día sábado, domingo o festivo.
   
   Por lo tanto, conforme a lo dispuesto en el artículo 22 del D.F.L. N°44, durante los períodos de incapacidad laboral, las C.C.A.F., COMPIN e ISAPRES, como entidades pagadoras de subsidios, deben declarar y enterar las cotizaciones en las instituciones que correspondan, de acuerdo con las normas contenidas en la Ley N°17.322.

2. TRABAJADORES Y TRABAJADORAS AFILIADOS AL SISTEMA DE PENSIONES DEL D.L. N°3.500, DE 1980.
   
   Por su parte, el artículo 19 del D.L. N°3.500, dispone que las entidades pagadoras de subsidio deben declarar y pagar las cotizaciones dentro de los 10 primeros días del mes siguiente al que se autorizó la licencia médica, o al día siguiente hábil, si el último es sábado, domingo o festivo.
   
   Conforme a lo anterior, independiente del periodo de reposo autorizado por la licencia médica, el plazo para pagar las cotizaciones se cuenta desde la fecha en que la licencia médica fue autorizada por la COMPIN o ISAPRE, sea que lo haya hecho en primera instancia o por orden de la COMPIN, o de esta Superintendencia, según corresponda.

3. NORMAS COMUNES APLICABLES AL PAGO DE COTIZACIONES POR PARTE DE LAS ENTIDADES PAGADORAS DEL SIL
   
   ​Para los efectos del pago de cotizaciones realizado por parte del organismo obligado al pago del subsidio por incapacidad laboral, ya sea que se trate de COMPIN, C.C.A.F. o ISAPRE, se deberá cumplir con las siguientes normas:

   1. La cotización respectiva, se debe imputar al período que se encuentra cubierto por la licencia médica y no al mes o meses en que se paga efectivamente el subsidio o la cotización si este se ha pagado en una fecha posterior. Para estos efectos y tal como ha sido instruido por la Superintendencia de Pensiones en el numeral 3, de la Letra K, Título I, del Libro III, del Compendio de Normas Sobre el Sistema de Pensiones , y por la Superintendencia de Salud en el numeral 1.3, del número 1, Título VII, del Capítulo III, del Compendio de Normas Administrativas en Materia de Procedimientos, existen situaciones en las cuales las entidades obligadas al pago de las cotizaciones no pueden dar cabal cumplimiento a la obligación de descontar la cotización correcta y/o pagarla a la entidad dentro del plazo general establecido para estos efectos, por una causa de fuerza mayor o caso fortuito en los términos del artículo 45 del Código Civil, no correspondiendo que se apliquen en esos casos las sanciones dispuestas en el inciso quinto del artículo 185 y en el artículo 186 del D.F.L. N°1, de 2006 del Ministerio de Salud.
      
      En este contexto, dado que en los casos en que la licencia médica es autorizada en una fecha posterior al mes en que se hizo uso del reposo, por ejemplo cuando una licencia médica haya sido autorizada con posterioridad por haber sido sometida a un proceso de revisión ante una apelación interpuesta, las Cajas de Compensación de Asignación Familiar, Subsecretaría de Salud Pública o las Instituciones de Salud Previsional, según corresponda, no podrán imputar las cotizaciones respectivas al período que se encuentra cubierto por la licencia médica, ello constituye una situación de caso fortuito o fuerza mayor, por lo que no corresponde que se apliquen reajustes, intereses o multas a la entidad pagadora del subsidio.

   2. En función de lo anterior, si la cotización respectiva se paga en un mes posterior a aquel en que se hizo uso del reposo otorgado en la licencia médica, la entidad pagadora del subsidio deberá imputar las cotizaciones al periodo cubierto por la licencia médica.

   3. De igual manera deberá proceder la entidad pagadora del subsidio, en aquellos casos en que la licencia médica sea autorizada en un mes distinto a aquel en que se encuentra el periodo de reposo contenido en dicho instrumento.

   4. En los casos en que la cotización respectiva sea imputada a un mes distinto al que cubre la licencia médica, la entidad pagadora del subsidio deberá requerir a la institución respectiva que adopte las medidas tendientes a corregir dicha situación, a fin de imputar la cotización respectiva al mismo período cubierto por la licencia médica.

   5. En los casos en que la licencia médica cubra un período que involucra días de distintos meses, el pago de cotizaciones deberá imputarse a los días de cada mes que correspondan al período de la licencia.

   6. Para dar cumplimiento a las normas señaladas precedentemente, los organismos obligados al pago de subsidios por incapacidad laboral y a las cotizaciones respectivas, deberán implementar las medidas que permitan imputar correctamente tanto el subsidio como las cotizaciones debiendo utilizar planillas separadas de declaración y pago cuando sea necesario.