Como regla general, los documentos que respaldan todos los beneficios que otorgan las Cajas de Compensación deben conservarse hasta por 5 años después de concedidos. Transcurrido dicho plazo y una vez microfilmados o digitalizados, conforme al artículo 2° del D.L. N° 2412, podrán proceder a su destrucción levantando un acta con el detalle de los documentos que serán eliminados, la que debe ser suscrita por el Gerente General de la Caja de Compensación.

La documentación o antecedentes originales que fueren objeto de investigaciones o reclamaciones de cualquier especie o de juicio ante los Tribunales de Justicia, no podrán eliminarse hasta que la investigación, reclamación o juicio se encuentre totalmente terminado y ejecutoriada la resolución recaída en ellos.

Este criterio se aplica respecto de los siguientes documentos:

1. Los documentos que respaldan las afiliaciones y desafiliaciones de entidades empleadoras, pensionados e independientes, en cuyo caso los cinco años deben contarse desde la fecha en que ellas hayan operado, se incluyen los registros de firma y modificaciones de datos.
2. Contratos de ahorro, arqueos de cajas, formulario de modificaciones de cuentas de ahorro. Para los contratos de ahorro los cinco años se cuentan desde su término, tratándose de arqueos de cajas los cinco años se cuentan desde que se efectuaron y respecto de los formularios de modificaciones se cuentan desde su presentación.
3. Los documentos asociados con la asignación familiar (solicitud de asignación familiar, solicitud de extinción de la misma, declaración jurada, movimiento de personal, pago directo y otros de la misma naturaleza), los cinco años se cuentan desde la fecha de su presentación, de su pago, o de la extinción, según corresponda.
4. Documentos relacionados con crédito social y su pagaré, en cuyo caso los cinco años deben contarse desde el pago total de la deuda.
5. Documentos relacionados con licencias médicas y subsidios por incapacidad laboral y subsidio parental. Los cinco años se cuentan desde el término de la licencia y del pago del subsidio.
6. Documentos de cotizaciones previsionales. El plazo de cinco años se cuenta desde que se efectuó el pago de las referidas cotizaciones.
7. Documentos relacionados con prestaciones complementarias. Los cinco años se cuentan desde la concesión del beneficio. En el caso de los convenios se cuentan desde su término.
8. Documentos relacionados con los seguros. Los cinco años se cuentan desde que se hizo uso de él y en el contrato se cuentan desde su término.
9. Documentos relacionados con los subsidios de cesantía. Los cinco años se cuentan desde el último pago.