La tramitación de las licencias médicas se rige por el D.S. N°3, de 1984, del Ministerio de Salud, que contiene el reglamento sobre autorización de licencias médicas, quedando solamente excluidas de la aplicación de dicho reglamento las licencias médicas que se otorgan en virtud de la Ley N°16.744, a los trabajadores de empresas afiliadas a Mutualidades de empleadores, cuando se les otorga reposo por Incapacidad laboral ocasionado por un accidente del trabajo o enfermedad profesional, caso en el cual emiten lo que se denomina "orden de reposo".

Por su parte, conforme al artículo 5° de la Ley N°20.585, en caso que un profesional habilitado para otorgar licencias médicas las emita con evidente ausencia de fundamento médico, la Superintendencia de Seguridad Social, de oficio o a petición de la Secretaría Regional Ministerial de Salud o de la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez respectiva, del Fondo Nacional de Salud, de una Institución de Salud Previsional o de cualquier particular, puede, si existe mérito para ello, iniciar una investigación.