El pago corresponde a:

1. La entidad otorgante del subsidio, o

2. El empleador que así lo haya convenido con dicha entidad.

Tratándose de trabajadores afiliados a FONASA el pago lo realiza la COMPIN a través de la Subsecretaría de Salud Pública, quien mantiene un convenio con el Banco Estado, sea a través de pago por Caja o Transferencia Electrónica, si el trabajador lo ha solicitado. No obstante, si el empleador se encuentra afiliado a una Caja de Compensación de Asignación Familiar, el pago será efectuado por esta última entidad.

Tratándose de trabajadores afiliados a una ISAPRE el pago lo realiza dicha institución, sin que tenga injerencia ninguna Caja de Compensación.

El artículo 19 del D.F.L. N°44, de 1978 del Ministerio del Trabajo y Previsión Social, permite a las Entidades Pagadoras de Subsidios celebrar convenios de pago de subsidios con los empleadores, para que estos lo realicen directamente a sus trabajadores.

Solamente se puede convenir el pago del subsidio, sin que proceda celebrar convenios referidos al pago de las cotizaciones del periodo de incapacidad laboral, las que siempre serán de cargo de la entidad pagadora respectiva.

No obstante, siendo la Entidad Pagadora de Subsidios la primera obligada, deberá pagar el beneficio cuando el trabajador tenga dificultades con su empleador o ex empleador para el pago del mismo. La Entidad no podrá excusarse a pretexto de que ya envió el monto del subsidio a la Entidad Empleadora, sin perjuicio de que deberá obtener la restitución de dicha suma.