De acuerdo a lo establecido en el inciso 1° del artículo 1° de la Ley N°16.395, la Superintendencia de Seguridad Social es "un servicio público funcionalmente descentralizado, con personalidad jurídica y patrimonio propio, que se relaciona con el Presidente de la República a través del Ministerio del Trabajo y Previsión Social, por intermedio de la Subsecretaría de Previsión Social". Asimismo, el inciso final del mismo artículo establece que "corresponderá a la Superintendencia la supervigilancia y fiscalización de los regímenes de seguridad social y de protección social, como asimismo de las instituciones que los administren, dentro de la esfera de su competencia y en conformidad a la ley".

Asimismo, de acuerdo con lo previsto en los artículos 2° letras b), c) y k) y artículo 27, ambos de la Ley N°16.395, es la Superintendencia de Seguridad Social la autoridad técnica de control de las instituciones de previsión, de tal forma que, hallándose las licencias médicas insertas en el campo de la seguridad social, las entidades de salud como las Comisiones de Medicina Preventiva e Invalidez e Isapres, están sujetas a las instrucciones y decisiones que la Superintendencia de Seguridad Social adopte en uso de sus atribuciones, criterio que ha sido reconocido por la Contraloría General de la República mediante el Dictamen E93380, del 8 de abril de 2021, entre otros.

En cuanto al control en el otorgamiento de licencias médicas, la Ley N°20.585 faculta a la Superintendencia para efectuar investigaciones a profesionales que hubieren emitido licencias médicas emitidas con ausencia de fundamento médico, y respecto de contralores médicos cuya función sea la autorización, modificación o rechazo de las licencias médicas, que ordenen bajo su firma rechazar o modificar una licencia médica sin justificación que respalde su resolución, o sin expresión de causa.

Tratándose del Seguro para el Acompañamiento de Niños y Niñas (SANNA), el artículo 42 de la Ley N°21.063 dispone que la Superintendencia de Seguridad Social ejerce las funciones y atribuciones de supervigilancia, control, regulación, fiscalización y sanción respecto del Seguro. En el ejercicio de estas funciones y atribuciones, la Superintendencia puede dictar normas e instrucciones obligatorias para todas las instituciones o entidades que participen en la gestión del Seguro, en la recaudación de las cotizaciones, en la calificación de las contingencias y en el otorgamiento y pago de sus beneficios.

A su vez, el artículo 43 del mismo cuerpo legal establece que corresponde a la Superintendencia de Seguridad Social resolver las apelaciones efectuadas en contra de las resoluciones emitidas por las Comisiones de Medicina Preventiva e Invalidez.