Los subsidios por incapacidad laboral por enfermedad común o accidente común son financiados con cargo a la cotización del 7% que pagan los trabajadores afiliados al Sistema de Salud de FONASA o con cargo a la cotización que pagan los trabajadores en la ISAPRE a la que se encuentren afiliados, la que puede ser de un 7% o superior si se ha pactado en el respectivo contrato de salud previsional.

La cotización es de cargo de los trabajadores y se efectúa sobre las remuneraciones imponibles hasta el tope 60 Unidades de Fomento, en el caso de los afiliados al Antiguo Sistema Previsional y hasta el tope imponible reajustado conforme a la variación del índice de remuneraciones reales determinadas por el Instituto Nacional de Estadísticas entre noviembre del año anteprecedente y noviembre del precedente, y si un año resulta negativo, se mantiene el tope del año anterior, en el caso de afiliados al Sistema de Pensiones del D.L. N°3.500, de 1980.

Tratándose de los subsidios por incapacidad laboral otorgados en virtud de licencias médicas de protección a la maternidad, éstos se financian principalmente con cargo a Recursos Fiscales, sea que se trate de afiliados a FONASA o una ISAPRE.

En el caso de las prestaciones a que da lugar el SANNA, la Ley N°21.010 creó el Fondo con cargo al cual se financiarán dichos beneficios. El Fondo, según dispone el artículo 24 de la Ley N°21.063, se financia con los recursos provenientes de:

1. Una cotización mensual de las remuneraciones o rentas imponibles de los trabajadores dependientes e independientes, de cargo del empleador o de estos últimos, establecida en el artículo 3 de la Ley N°21.010, que asciende a un 0,03%.

2. La cotización para este seguro que proceda durante los períodos en que el trabajador o la trabajadora esté haciendo uso de él y durante los períodos de incapacidad laboral temporal de origen común, maternal o de la Ley N°16.744, de cargo del empleador.

3. El producto de las multas, reajustes e intereses que se apliquen en conformidad a la Ley N°17.322.

4. Las utilidades o rentas que produzca la inversión de los recursos anteriores.